Il est important de pratiquer des rotations variées pour diminuer le risque de transmission des maladies et des parasites. En cultivant trop fréquemment les mêmes familles de plantes, au même endroit, on peut favoriser certaines maladies ou certains nuisibles. La rotation est particulièrement importante pour les choux, les poireaux, les oignons, les carottes, les pois, les pommes de terre, le persil et les fraisiers. On recommande en général une rotation de trois ans. Pour certaines maladies, le temps de repos doit être plus long car les organismes nuisibles peuvent survivre dans le sol pendant des années. Cela reste valable lorsque l’on pratique des cultures associées.
Certaines espèces d’une même famille ne doivent pas se succéder sur le même terrain car elles ne sont pas compatibles. C’est le cas des chénopodiacées (épinards, blettes, betteraves…) et des rosacées (fraisiers).
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